Urutan protein biasanya dicatatkan sebagai rentetan huruf, menyenaraikan asid amino bermula dari hujung terminal amino hingga ke hujung terminal karboksil. Sama ada kod tiga huruf atau kod huruf tunggal boleh digunakan untuk mewakili 20 asid amino semula jadi, serta campuran atau asid amino kabur (serupa dengan notasi asid nukleik).[1][2][3]

Peptida boleh dijujukan secara terus, atau disimpulkan daripada jujukan DNA. Pangkalan data jujukan besar yang menyusun jujukan protein yang diketahui kini wujud.